Der zweite Teil von „Die geheime Inquisition“, „Kerker des Geistes“ wird am 31. August 2010, um 00:20 Uhr, ausgestrahlt.
Im Januar 1998 öffnete der Vatikan erstmals die geheimen Archive der Inquisition – für wenige eingeweihte Forscher, unter ihnen der neuseeländische Gelehrte Peter Godman. Und erstmals und exklusiv durfte für das Doku-Drama „Die geheime Inquisition“ in diesen Räumen gedreht werden.
Hier lagern Prozessakten, Briefe und Notizen über Päpste und Ketzer, Spitzel und Denunzianten, Inquisitoren und verfolgte Denker. Dokumente, die belegen, wie Ketzer verurteilt oder gerettet wurden, wie Päpsten ins Amt verholfen oder wie ihre Befehle missachtet wurden.
Unzählige Geheimnisse und Rätsel um 500 Jahre Weltgeschichte verbergen sich im Palast des Heiligen Offiziums, dem Hauptquartier der 1542 gegründeten römischen Inquisition.
Der zweite Teil der Dokumentation erzählt von den geheimen Machtkämpfen zwischen Päpsten und der Inquisition in der Zeit zwischen dem Dreißigjährigen Krieg und dem Zeitalter der Aufklärung.